A lo largo de su historia Colón participó de cinco competiciones internacionales y en cuatro de ellas accedió a la fase siguiente. Las mismas fueron por la Copa Conmebol de 1997, la Copa Libertadores de 1998 y la Copa Sudamericana de 2003 y 2012. La única vez que no pudo superar la primera instancia fue en la Copa Libertadores de 2010.

El primer encuentro internacional que afrontó el Sabalero fue por la Conmebol de 1997, el 28 de agosto de ese año cuando cayó como visitante por 2 a 1 frente a la Universidad de Chile. Ese día el elenco rojinegro formó de la siguiente manera: Díaz, Ibarra, Azoge, Rodríguez Peña, Unali; Aquino, Castagno Suárez, Díaz, Agoglia; Saralegui; Castillo. D.T.: Jorge Olguín. El gol de Colón lo marcó Adrián Gorostidi y además Marcelo Saralegui falló un penal.

En el cotejo revancha que se disputó en el Brigadier López el 3 de septiembre, el Rojinegro se impuso por 2 a 1 con tantos de Gorostidi y Cristian Castillo. Ese resultado le permitió acceder a la definición desde los 12 pasos y el resultado favoreció a Colón por 3 a 2.

Para el local convirtieron Rodolfo Aquino, Héctor Rodríguez Peña y Dante Unali, en tanto que fallaron Raúl Gordillo y Hugo Ibarra. Por su parte, Leonardo Díaz le atajó el remate a Pablo Galdames y desviaron el disparo Pedro González y Juan Ibañez.

Ese día la formación del sabalero fue la siguiente: Díaz, Ibarra, Medero, Rodríguez Peña, Unali; Aquino, Castagno Suárez, Gordillo, Agoglia; Gorostidi y Castillo. DT: Jorge Olguín.

En cuartos de final Colón se midió ante Danubio de Uruguay, el primer encuentro se disputó en Santa Fe el 24 de septiembre y fue empate 1 a 1. El gol del Rojinegro lo marcó Gorostidi, en tanto que Gabriel Migliónico decretó la igualdad para el elenco uruguayo.

La formación titular estuvo conformada por: Díaz, Azoge, Rodríguez Peña, Unali, Asencio; Aquino, Castagno Suárez, Gordillo, Saralegui; Castillo y Gorostidi. DT: Jorge Olguín.

El partido de vuelta se llevó a cabo el 15 de octubre y se reptió el resultado. Fue 1 a 1 y gol de Colón lo marcó Hugo Ibarra, mientras que para el conjunto charrúa fue nuevamente anotó la Gaviota Migliónico quien luego jugaría en el Sabalero.

Nuevamente Colón debió apelar a la definición desde los 12 pasos y se impuso por 3 a 2, idéntico marcador con el que eliminó a la Universidad de Chile. Para el Rojinegro convirtieron Aquino, Unali y Agoglia, en tanto que fallaron Gordillo y Rodríguez Peña.

El héroe de esa noche fue Leonardo Díaz, quien contuvo los disparos de Martín Rivas y Raphael Aguerre, por su parte Federico Rariz estrelló su remate en el travesaño. Ese día Colón formó con: Díaz, Ibarra, Medero, Rodríguez Peña, Unali, Aquino, Castagno Suárez, Gordillo, Agoglia; Castillo y Gorostidi, DT: Jorge Olguín.

En consecuencia Colón accedió a las semifinales de la competencia y en esa instancia fue eliminado por Lanús, cayó en el primer partido como local por 2 a 0 con tantos de Trimarchi e Ibagaza, mientras que en el cotejo de vuelta fue empate 1 a 1 con goles de Castagno Suárez y Más.

En la Copa Libertadores de 1998, el Sabalero compartió grupo con River, Alianza Lima y Sporting Cristal de Perú. De cuatro equipos, dos accedían a octavos de final. El Rojinegro disputó seis encuentros ida y vuelta ante los rivales mencionados y terminó clasificando en segundo lugar.

En condición de local cayó ante River por 2 a 1 (el tanto lo convirtió Juan Pablo Sorín en contra) y le ganó a Sporting Cristal y Alianza Lima ambos por 1 a 0, con goles de Nelson Agoglia y Gustavo Sandoval respectivamente. En los choques de vuelta, cayó frente al Millonario por 4 a 1 (gol de Saralegui) y ante Alianza Lima por 1 a 0. Mientras que igualó con Sporting Cristal 1 a 1 con tanto de Sandoval.

De esta manera accedió a los octavos de final y en esa instancia se midió con Olimpia de Paraguay. El primer encuentro se llevó a cabo en el Brigadier López el 23 de abril y fue triunfo por 3 a 2. Los goles del elenco sabalero fueron anotados por Esteban Fuertes en dos ocasiones y el Chino Aquino. Para Olimpia convirtieron Caballero y Monzón.

La formación de Colón fue la siguiente: Burtovoy, Aquino, Morant, Rodríguez Peña, Unali; Ibarra, Marini, Agoglia, Saralegui; Fuertes y Sandoval. DT: Daniel Córdoba.

El cotejo de vuelta se desarrolló el 30 de abril en Asunción y fue derrota por 1 a 0 por lo cual la definición llegó mediante la ejecución desde los 12 pasos. El tanto lo convirtió Monzón y en ese entonces el gol de visitante no tenía validez como ahora.

Ese día fue la consagración del arquero rojinegro José Pablo Burtovoy dado que atajó cuatro remates desde los 12 pasos (Torres, Monzón, Paredes y González). Para Colón anotaron Unali y Aquino, en tanto que fallaron Saralegui y Marini. Fue triunfo por 2 a 1 y pasó a cuartos de final.

La formación de aquella noche inolvidable fue la siguiente: Burtovoy, Aquino, Rodríguez Peña, Morant, Unali; Marini, Castagno Suárez, Agoglia, Saralegui; Fuertes y Sandoval. DT: Daniel Córdoba.

En cuartos de final el Sabalero fue eliminado por River, en el encuentro de ida que se desarrolló en el Monumental fue derrota por 2 a 1 y el gol de Colón lo marcó Saralegui y el de vuelta en el Centenario fue caída por 3 a 1 y el tanto lo convirtió el Bichi Fuertes.

En la Copa Sudamericana del 2003 Colón jugó en la primera fase frente a Vélez y lo superó en ambos cotejos. El 12 de agosto en el Brigadier López fue triunfo por 3 a 1 con dos tantos de Javier Delgado, en tanto que el restante lo convirtió Giovanni Hernández. Mauro Óbolo descontó para el Fortín.

Ese día formó con: Tombolini, Píccoli, González, Pereyra; Martínez, Moreno y Fabianesi, Capurro, Delgado; Hernández; Carignano y Fuertes. DT: Edgardo Bauza.

El 23 de agosto en el José Amalfitani se disputó la revancha y fue goleada de Colón por 4 a 1, con dos tantos de Esteban Fuertes, Jorge Martínez y César Carignano. Para el conjunto velezano anotó Mauro Óbolo.

En la segunda fase fue eliminado por Boca, en el choque de ida como local fue empate 1 a 1 con tantos de Pedro Iarley para el Xeneize, mientras que Gustavo Savoia en el minuto final decretó la igualdad para el Rojinegro. En la vuelta que se disputó en Salta perdió 2 a 1. Jonathan Fabbro y Franco Cángele fueron los autores de los goles para Boca y Carignano anotó para el Rojinegro.

Por su parte, en el 2012 volvió a competir en la Sudamericana y en la primera fase se midió con Racing, el 23 de agosto como local ganó por 3 a 1 con goles de Lucas Mugni, Facundo Curuchet y Gabriel Graciani, en tanto que Gabriel Hauche anotó para la Academia.

La formación sabalera fue la siguiente: Pozo; Caire, Alcoba, Raldes, Urribarri; Moreno y Fabianesi, Prediger, Bastía, Mugni; Curuchet y Gigliotti. DT: Roberto Sensini.

El 30 de agosto se jugó la revancha y también fue victoria de Colón pero esta vez por 2 a 1. Arrancó perdiendo con un tanto de Javier Cámpora, pero luego Emmanuel Gigliotti e Iván Moreno y Fabianesi establecieron cifras definitivas.

Los 11 del Rojinegro fueron : Pozo, Caire, Alcoba, Raldes, Urribarri; Moreno y Fabianesi, Prediger, Bastía, Mugni; Curuchet y Gigliotti. DT: Roberto Sensini.

En la instancia siguiente, de octavos de final Colón quedaba eliminado frente a Cerro Porteño, en el cotejo de ida que se desarrolló el 27 de septiembre en el Brigadier López, fue derrota por 2 a 1. Para el elenco paraguayo anotaron Pedro Benítez y Roberto Nanni, mientras que para el Rojinegro marcó Mugni.

El choque de vuelta que se llevó a cabo el 23 de octubre también fue derrota del Sabalero por 2 a 1, el tanto del conjunto santafesino lo marcó el Puma Gigliotti, mientras que para el equipo guaraní anotaron Nanni y Julio Dos Santos.