Coronavirus en Santa Fe

Cómo evolucionó el virus en Santa Fe: ¿habrá un final del coronavirus?

Un informe elaborado por el Proyecto PAIS, una red nacional que monitoreó en Santa Fe las mutaciones del virus, alerta sobre variantes y cepas

Miércoles 19 de Mayo de 2021

El Proyecto PAIS, un consorcio creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación, presentó la semana pasada un informe que indica la circulación del virus SARS-CoV-2 durante la primera ola en la provincia de Santa Fe. El informe, que abarca desde el 23 de marzo al 22 de diciembre de 2020, incluye 212 muestras de individuos residentes en 58 localidades con transmisión comunitaria e identifica la introducción, circulación y establecimiento de los linajes de coronavirus.

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El primer caso reportado en nuestra provincia data del 14 de marzo de 2020, aunque recién en julio comienza a registrarse un aumento de casos, la mayoría correspondientes a los departamentos más poblados. Las secuencias obtenidas corresponden a seis linajes reportados previamente en el país: B.1.499 (56%), N.5 (35.4%), N.3 (1,4%), B.1 (4,7%), B.1.1 (1,4%) y B.1.1.28 (0,9%). Particularmente, se observó que el linaje B.1.499, identificado con mayor frecuencia entre junio y octubre, se vio desplazado por el linaje N.5, detectado mayormente entre noviembre y diciembre.

Para comprender el alcance del informe UNO Santa Fe se comunicó con el doctor Ariel Amadio, integrante del Nodo de secuenciación de Rafaela, quien se desempeña como biólogo molecular en el Instituto de Investigación de la Cadena Láctea (Idical, Inta Conicet).

¿Cepas o variantes?

“El genoma está formado por compuestos químicos que se representan con cuatro letras: A, C, T y G (adenina, citosina, timina, guanina). Esos son los cuatros componentes que forman el ADN. El orden y la composición de esas letras hacen a cada organismo lo que es”, explicó el experto. “Lo que ocurre con la evolución y la replicación de los virus y cualquier organismo vivo es que cada vez que se replica el ADN se pueden introducir errores. Cambia una letra por otra: esa es una mutación”.

Las mutaciones ocurren cada vez que el virus se replica, es decir, que pasa de una persona a otra. “Es un proceso natural; la cuestión es si esas mutaciones generan algún virus que tenga alguna característica distintiva con respecto a otros”, explicó Amadio.

“Lo que nosotros analizamos es el genoma completo del virus y vemos cuáles letras están cambiadas. Las variantes de preocupación, como pueden ser la de Manaos o Reino Unido, tienen un grupo de mutaciones que hace que la proteína externa del virus cambie. Eso estudiamos: exactamente qué muta, en qué lugares y si eso puede tener una influencia en la biología del virus”.

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Casos positivos de la COVID-19 en la provincia de Santa Fe. a) Casos acumulados desde Abril de 2020 hasta Abril 2021, por Departamentos. Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2 -Reporte nº 21– Provincia de Santa Fe.

Casos positivos de la COVID-19 en la provincia de Santa Fe. a) Casos acumulados desde Abril de 2020 hasta Abril 2021, por Departamentos. Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2 -Reporte nº 21– Provincia de Santa Fe.

Los equipos de trabajo distribuidos en nodos a lo largo del país utilizan muestras de PCR al azar proporcionadas por el Laboratorio Central y van monitoreando las variantes circulantes del virus.

“Las cepas se analizan en el contexto evolutivo, se analiza qué mutaciones tienen. Las que se agrupan con las mismas mutaciones tienen una nomenclatura específica que se conoce como linaje. Cada linaje de virus tiene un grupo de mutaciones compartidas; cuando ese número es cada vez mayor y la diferencia se agranda ahí existen otros niveles de clasificación. Ya no es linaje, ahí quizás son cepas.”

Pero aclaró: “Cepa es un término que no aplica bien para los virus, pero en realidad es la variante. La cepa de Manaos en realidad es la variante P1. La variante B117 es la del Reino Unido.”

“Normalmente se llama variante a las que tienen algún tipo de preocupación. Se usa el término VOC (Variant of concern). De esas hay unas cuantas: Manaos, Reino Unido, Sudáfrica, India, California. Hay cinco o seis variantes de preocupación hoy en el mundo”, resumió el investigador.

Santa Fe durante la primera ola

Sobre el último reporte que caracteriza todo el año pasado, Ariel Amadio contó que buscaron mostrar esa dinámica en la que “en un momento de la pandemia circulan algunas cepas y luego son reemplazadas por otras; aparecen linajes que en un momento no circularon y después pasan a ser mayoritarios. A partir del 2021 seguimos caracterizando y seguramente los linajes que aparecen son distintos a los que circularon el año pasado”.

En Santa Fe se establecieron dos linajes mayoritarios que son el B1499 y el N5, con porcentajes más o menos parecidos entre provincias, aunque no iguales. Lo que sí se vio es un intercambio entre las provincias en las zonas de frontera.

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Casos positivos de la COVID-19 en la provincia de Santa Fe. b) Casos cada 1.000 habitantes, por Departamentos. Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2 -Reporte nº 21– Provincia de Santa Fe.

Casos positivos de la COVID-19 en la provincia de Santa Fe. b) Casos cada 1.000 habitantes, por Departamentos. Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2 -Reporte nº 21– Provincia de Santa Fe.

“Cuando nosotros analizamos el norte de Santa Fe vemos que las secuencias son muy parecidas a las de Chaco. En San Francisco son muy parecidas a las de la Córdoba. Es lo que produce el intercambio de gente. Evidentemente la gente se mueve y el virus se disemina”.

Y amplió: “En Santa Fe, cuando se produce el primer aislamiento, solo había infectados que volvieron de viaje y produjeron algún contagio local, pero en un punto entre abril y mayo y salvo algún brote muy particular (creo que hubo uno en Ceres) la provincia no reportó casos durante casi 60 días. Todos los linajes que ingresaron por viajeros se extinguieron, y luego cuando terminó el aislamiento nuevamente empezaron a registrarse casos en julio y agosto, teniendo un pico en octubre”.

Según Amadio, al volver del aislamiento las cepas empezaron a circular por todos lados y se llegó a la distribución de todos los linajes en el país. Consultado por la posibilidad de una “cepa argentina”, el biólogo molecular consideró que la variante N5 podría ser una candidata ya que no se ha detectado tanto como en otros lugares del mundo pero por suerte no es una variante de preocupación.

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Distribución de los linajes observados en la provincia de Santa Fe, por quincena. Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2. Reporte nº 21– Provincia de Santa Fe.

Distribución de los linajes observados en la provincia de Santa Fe, por quincena. Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2. Reporte nº 21– Provincia de Santa Fe.

El fin del coronavirus

Este último reporte se cerró en diciembre para concluir con los datos del 2020, pero el trabajo de secuenciación genómica e identificación de variantes es continuo y muy valioso. Con una ventana de 15 días, los investigadores monitorean los virus circulantes y pueden alertar cuando aparecen variantes del SARS-COV2 que puedan comprometer al sistema de salud.

Amadio explicó que, en su opinión, no hay diferencias en las medidas de seguridad a tomar, ni en los tratamientos a los pacientes. “Estas cepas son más contagiosas, afectan a personas más jóvenes. Pero los cuidados personales son exactamente los mismos, solo habría que cumplirlos”.

Sobre las vacunas contó que se sabe que algunas mutaciones podrían comprometer de cierta manera su eficacia pero que no hay datos concretos de que eso ocurra. “Lo más importante es que las vacunas siguen siendo efectivas y no deberían ser motivo de preocupación”.

El curso biológico del virus no sorprende a los expertos. “El virus se va a adaptando cada vez más al ser humano. Las mutaciones se producen porque el virus se va adaptando, por eso son más contagiosos e intenta evadir el sistema inmune. Es una dinámica que se da normalmente con los virus como se da con la gripe”, expresó Amadio.

Lo que todavía no se sabe, según el experto, es cómo va a reaccionar el virus frente a la vacunación. “Parecería que para este virus no sería necesaria una vacuna estacional como sí lo es con la gripe, que cambia todos los años. Pareciera que con el coronavirus no haría falta que todos los años se aplique una vacuna distinta. Se podría llegar a erradicar el SARS-CoV-2”, aventuró, aunque aclaró que sí podría llegar a producir mutaciones que pueden escapar al sistema inmune, que es lo que haría que se requiera una vacunación nueva cada año.

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El Proyecto PAIS está compuesto por una red de profesionales de todo el país. La provincia de Santa Fe es la única que tiene dos nodos de investigación, uno en Rosario y la otra en Rafaela (sin contar el caso de la provincia de Buenos Aires donde hay un nodo de investigación en CABA y en el gran Buenos Aires).

El Proyecto PAIS está compuesto por una red de profesionales de todo el país. La provincia de Santa Fe es la única que tiene dos nodos de investigación, uno en Rosario y la otra en Rafaela (sin contar el caso de la provincia de Buenos Aires donde hay un nodo de investigación en CABA y en el gran Buenos Aires).

Ciencia compartida

El Proyecto País está conformado por grupos de investigación de diferentes instituciones con el objetivo de secuenciar el genoma y realizar demás estudios genómicos del SARS-CoV-2. Se creó desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Nación y es coordinado por la doctora Mariana Viegas del Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez.

Los objetivos del trabajo son la secuenciación de los genomas circulantes de SARS-CoV-2 en distintas regiones de nuestro país, el análisis a gran escala de secuencias, ensamblado de genomas, análisis filogenéticos y filogeográficos, epidemiología y evolución molecular. Sus descubrimientos se vuelcan a la base de datos global de circulación viral GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data).

Según Ariel Amadio, uno de los mejores resultados del Proyecto País es la red de profesionales que se formó y con la que se puede colaborar y compartir tecnología. “Nos hemos conectado con un montón de gente con las cuales no compartíamos nada y sin embargo la tecnología que usamos es la misma.”

“Yo me dedico a hacer secuenciación de ADN pero trabajo con bacterias que afectan la producción de bovinos o plantas”, contó Ariel, biotecnólogo del Idical en Rafaela. Son muchas las personas que dejaron de lado sus trabajos habituales y comenzaron a dedicarse de lleno para trabajar con coronavirus. “Pusimos nuestros laboratorios y lo que sabemos hacer a disposición porque así lo requiere la realidad del país y así ocurre con las cientos de personas que trabajamos en el Proyecto”.

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