El pasado 6 de octubre de 2021 Gustavo Munúa, en una conferencia donde estuvieron el presidente Luis Spahn y la secretaría técnica, comandada por Roberto Battión, fue presentado como nuevo entrenador de Unión, en reemplazo de Juan Manuel Azconzábal, tras el interinato de Marcelo Mosset, quien había sumado dos victorias.
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El estreno de Gustavo Munúa fue el 8 de octubre, en la derrota frente a Platense por 2-1 en el estadio 15 de Abril. Matías Tissera y Kevin Lomónaco pusieron en ventaja al equipo que dirigía técnicamente Claudio Spontón, en tanto que sobre el final llegó el descuento de Juan Manuel Azconzábal.
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El mérito de Munúa fue haber encontrado rápidamente un esquema de juego ideal para los jugadores con los que contaba en ese momento, con un plantel nutrido por jóvenes valores del club, algunos de los cuales dieron el gran salto como Franco Calderón, Imanol Machuca, Juan Nardoni y Gastón González, a quien luego se vendería al Orlando City de la Major League Soccer de Estados Unidos.
Unión, sin embargo, no pudo encontrar una regularidad futbolística y numérica en la medida de lo esperado, pero tuvo una buena sumatoria de puntos en el tramo final, y con un resonante triunfo en el Clásico Santafesino frente a Colón por 3-0, en el 15 de Abril, logró su clasificación para jugar la Copa Sudamericana 2022.
Para la nueva temporada hubo una refundación importante del plantel, donde se fueron entre otros jugadores de nombre y peso como Nicolás Blandi, Fernando Márquez y Juan Manuel García, y llegaron otros como Santiago Mele, Diego Polenta, Jonatan Álvez y Leonardo Ramos. Unión tuvo un buen inicio de año, con un gran triunfo ante el campeón River en Santa Fe, pero no pudo acceder a la fase final de la Copa de la Liga Profesional.
Sin embargo, en la Copa Sudamericana tuvo una histórica fase de grupos, con triunfos en Bolivia y Colombia, y el empate en el Maracaná, para acceder a lo octavos de final, por segunda vez en su historia, aunque la primera vez con el nuevo formato. En la instancia siguiente, en tanto, no dio la talla y quedó eliminado a manos del poderoso Nacional de Montevideo.
Pero en la Copa Argentina, con un cuadro favorable, quedó afuera tras perder ante Banfield, a quien tres días antes había vencido como visitante con un equipo alternativo, pero en el Torneo de la LPF había arrancado con gran sucedo. Pero cuando puso todas sus energías en el torneo local, tras las eliminaciones coperas, Unión cayó en un pozo futbolístico del cual no puede salir.
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Bajaron mucho niveles de jugadores que eran vitales, como Jonatan Álvez y Mauro Luna Diale. En tanto que se fue Emanuel Britez, una baja de peso desde lo futbolístico y temperamental. De hecho, de los últimos 33 puntos, Unión solo sumó seis, lo que lo alejó completamente de la pelea por llegar a la Sudamericana 2023 y los números de Gustavo Munúa como DT cayeron en picada.
Como lo adelanto UNO Santa Fe, Gustavo Munúa está dirigiendo sus últimos partidos en Unión, que ya está analizando técnicos para reemplazarlo, más allá que habrá una charla entre el DT y el presidente Luis Spahn, quien admitió la imposibilidad económica de afrontar su contrato, en diálogo con LT10, por la crisis económica que atraviesa el país.
Los últimos partidos de Gustavo Munúa al frente de Unión serán solo para cumplir, ya que el equipo quedó totalmente relegado de la carrera por llegar a la Sudamericana. Y los números del uruguayo son realmente pobres: dirigió 57 partidos, con 20 victorias, empató 13 y perdió 24 (40.94% de efectividad), con 65 goles a favor y 64 en contra.