Pandemia

De qué trata el estudio de genomas de cepas de coronavirus que se realiza en Santa Fe

Santafesinos pertenecientes al grupo de Genómica y Bioinformática del IDICaL (Inta-Conicet), estudia las cepas presentes en Santa Fe, Chaco y Corrientes para compararlo con las que circulan en el país y en el resto del mundo.

Sábado 06 de Febrero de 2021

Con financiamiento de $ 999.920, por parte del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Nación (MINCyT), tras el aval de la Secretaría de Ciencia, Tecnología e Innovación de la provincia de Santa Fe, investigadores del grupo de Genómica y Bioinformática del Instituto de Investigación de la Cadena Láctea (IDICaL), de doble dependencia entre el Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA) y el Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), y la Universidad Nacional de Rafaela (UNRaf) trabajan en la secuenciación completa del genoma de cepas del virus SARS-CoV-2 circulante en las provincias de Santa Fe, Chaco y Corrientes.

El grupo de Genómica y Bioinformática de la Ciudad de Rafaela, integrado por Ariel Amadio, María Florencia Eberhardt y José Matías Irazoqui, recibe las muestras recolectadas por el Laboratorio Central de la ciudad de Santa Fe para realizar la secuencia completa del genoma de las diferentes cepas del virus bajo un protocolo diseñado y validado por la red internacional ARTIC, que ha generado este tipo de técnicas para virus como Ébola, MERS, SARS, Influenza, Zika y SARS-Cov-2, y con la tecnología de secuenciación MinION, desarrollada por Oxford Nanopore, la cual no requiere de inversiones en equipamiento ya que es portable y posibilita replicar este tipo de análisis en distintos lugares donde sea requerido.

Hasta el momento, el grupo de investigación lleva secuenciados más de 150 genomas completos de diferentes cepas del virus SARS-Cov-2 con un análisis filogeográfico (dinámica poblacional) de las cepas virales en tiempo y espacio geográfico. Los genomas completos obtenidos se suben y se comparan con aquellos depositados en el sistema GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data) lo cual permite seguir la evolución de la pandemia en todo el mundo.

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El doctor Ariel Amadio, investigador responsable del proyecto, explicó que la secuencia completa del genoma del virus “permite ver cómo el virus va mutando y en qué lugares lo hace. De esta manera, podemos seguir su evolución y detectar la aparición de nuevas variantes. E l trabajo realizado por otros profesionales en Argentina y en el mundo nos posibilita establecer comparaciones y analizar la prevalencia de las diferentes cepas, cuál son los lugares donde circulan para poder realizar una vigilancia epidemiológica al día ya que el establecimiento de nuevas variantes puede generar otro tipo de dificultades”.

Amadio destacó el uso de las capacidades instaladas en ciencia y tecnología ya que “nuestro instituto se dedica a la investigación de la cadena láctea donde nos dedicamos usualmente a analizar genomas de organismos patógenos de vacas o plantas. Esta experiencia en secuenciación de ADN y de genomas completos nos dio la posibilidad de adaptar rápidamente nuestras capacidades a la secuenciación del genoma de las diferentes variantes del virus SARS-Cov-2. Nuestro trabajo es un trabajo articulado con el Laboratorio Central de la provincia y con los investigadores del Consorcio PAÍS, el compromiso de todas las partes es lo que hace que todo esto verdaderamente funcione”.

El proyecto se propone, además, como parte de una red Nacional, liderada por el Hospital Gutiérrez, para el establecimiento de un sistema de vigilancia epidemiológica local que permite, también, aportar elementos de análisis para la toma de decisiones de política sanitaria en materia de diseño de tests de diagnóstico, de aspectos vinculados con la transmisión y con el desarrollo de vacunas.

La secretaria de Ciencia, Tecnología e Innovación de la provincia de Santa Fe, Marina Baima, señaló que la Secretaría “tiene como uno de sus ejes estratégicos el de la salud en el cual trabajamos de manera muy transversal con el ministerio de Salud y con el LIF (Laboratorio Industrial Farmacéutico) y este proyecto, que articula al INTA, al CONICET y a la UNRaf, nos viene aportando información central para conocer, por medio de la secuenciación del genoma completo del virus SARS-Cov-2, qué cepas están circulando en nuestra provincia. En este sentido, es uno de nuestros proyectos más estratégicos, financiado por el COFECyT, que demuestra una dinámica de vinculación fundamental dentro del sector científico para dar respuesta a las demandas que nos plantea la emergencia sanitaria”.

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Baima se refirió a la importancia de la articulación de la Secretaría con el COFECyT y con la Subsecretaría de Federalización de la Ciencia, Tecnología e Innovación del MINCyT durante el 2020 “que demostró la potencialidad que significa trabajar de forma mancomunada la promoción y federalización de la ciencia. Realmente nos sentimos muy acompañados desde el ámbito del Consejo y la Subsecretaría de Federalización y ello nos permitió, a las provincias y a las regiones, ajustar los recursos para brindar diferentes propuestas y respuestas que quedaron plasmadas en los proyectos, en el trabajo en el Plan de Ciencia y Tecnología y en las reuniones de los CRECyT [Consejos Regionales de Ciencia y Tecnología] donde se fortalecieron proyectos estratégicos a nivel regional que potencian las capacidades de cada provincia y se trazaron lineamientos hacia el futuro que consolidan nuestro sistema y ecosistema científico, tecnológico y de innovación”.

El proyecto, seleccionado por la Secretaría de Ciencia, Tecnología e Innovación de la provincia de Santa Fe, es financiado por el MINCyT a través del Consejo Federal de Ciencia y Tecnología (COFECyT) en el marco del Programa de Articulación y Fortalecimiento Federal de las Capacidades en Ciencia y Tecnología COVID-19, coordinado por la Subsecretaría de Federalización de la Ciencia, Tecnología e Innovación y la Subsecretaría de Coordinación Institucional del MINCyT.

Sobre el Proyecto PAIS

Creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Nación, el Consorcio interinstitucional para la Secuenciación del genoma y estudios genómicos de SARS-CoV-2 (Proyecto PAIS) está conformado por grupos de investigación de diferentes instituciones con el objetivo de secuenciar el genoma y realizar demás estudios genómicos del SARS-CoV-2.

Coordinado por la doctora Mariana Viegas del Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, el equipo trabaja articulada y colaborativamente para realizar estudios genómicos de SARS-CoV-2 en nuestro país y aportar tanto al conocimiento local como a la base de datos global de circulación viral GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). Entre sus objetivos se encuentran la secuenciación de los genomas circulantes de SARS-CoV-2 en distintas regiones de nuestro país, el análisis a gran escala de secuencias, ensamblado de genomas, análisis filogenéticos y filogeográficos, epidemiología y evolución molecular.

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